Báo Tuổi Trẻ đã trải qua một chặng đường lịch sử đầy thăng trầm và có thể coi đây là một trong những dẫn chứng điển hình về một tờ báo Việt Nam ít nhiều có ảnh hưởng trong dư luận. Một số vụ kỷ luật hoặc sai phạm được biết đến khá rộng rãi, thậm chí được đưa tin trên báo chí là:

• Vụ kỷ luật, cách chức Tổng biên tập Vũ Kim Hạnh: Vụ kỷ luật lớn đầu tiên với báo Tuổi Trẻ vào năm 1992 khi bà Vũ Kim Hạnh, Tổng biên tập báo lúc đó bị xem là "phạm khuyết điểm" nghiêm trọng khi cho đăng một số tư liệu chưa được công bố liên quan đến đời tư của ông Hồ Chí Minh, trong đó có những tư liệu cho rằng ông có vợ. Ông Lê Văn Nuôi, khi đó đang là Bí thư Thành Đoàn TP HCM, đã ra quyết định đình chỉ chức vụ tổng biên tập của bà Hạnh. Ông Nuôi phải kiêm nhiệm chức tổng biên tập báo Tuổi Trẻ cho đến khi hết nhiệm kỳ ở Thành Đoàn thì chuyển về làm tổng biên tập tờ báo này.[6]
• Vụ kỷ luật, chuyển công tác Tổng biên tập Lê Văn Nuôi: Vụ kỷ luật này là "cộng dồn án" của nhiều vụ sai phạm như vụ Tuổi Trẻ Cười in lại một biếm họa của tờ Thời báo Kinh tế Viễn đông (FEER) ngay trên trang bìa trong đó có các nhà tư bản nước ngoài quay trở lại Việt Nam và rải đầy dollar Mỹ trên bầu trời; trong đó có một vụ việc như giọt nước làm tràn ly là công bố một thăm dò giới trẻ, trong đó kết quả cuối cùng cho thấy giới trẻ hâm mộ các thần tượng tư bản bên Hoa Kỳ như Bill Gates hơn các lãnh tụ trong lịch sử Việt Nam. Thăm dò này được thực hiện dựa trên phương pháp xã hội học thông thường và trong đó các lựa chọn trả lời được đưa ra theo các tiêu chí rất chung.
• Vụ truy tố phóng viên Lan Anh: Năm 2005, Tuổi Trẻ đã gặp rắc rối với loạt bài điều tra của nhà báo Lan Anh về công ty dược phẩm Zuellig Pharma đang lũng đoạn thị trường thuốc tây nhập khẩu.[7] Do chính sách lúc bấy giờ của chính quyền là ủng hộ công ty nước ngoài, dẫn đến truy tố người viết báo về tội "chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" vì đã đưa tin về văn bản mà "nội dung chính của văn bản mật đó có được Chánh thanh tra Bộ Y tế Trần Quang Trung và Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính Dương Huy Liệu đề cập tại cuộc họp báo trước đó (ngày 28/4)",[8] buộc tờ báo kỷ luật phóng viên này.
• Vụ kỷ luật hai Phó Tổng biên tập năm 2007: Từ ngày 14 tháng 8 năm 2007, hai phó tổng biên tập của báo Tuổi Trẻ là Huỳnh Sơn Phước và Trương Quang Vĩnh đã mất chức vì không được bổ nhiệm lại, thay thế họ là hai cán bộ trẻ của Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh dù họ chưa có kinh nghiệm làm báo.[9] Sự kiện này sau đó đã gây ra phản ứng từ dư luận và được cựu thủ tướng Võ Văn Kiệt lên tiếng.[10] Đây không phải là lần đầu báo Tuổi Trẻ bị thay đổi Ban Biên tập, Vũ Kim Hạnh và Lê Văn Nuôi là hai tổng biên tập Tuổi Trẻ trước đây cũng đã bị mất chức và đẩy ra ngoài ngành báo chí. Dư luận cũng cho rằng Thành đoàn Thành phố Hồ Chí Minh bố trí 2 thành viên mới của họ vào chỗ của Huỳnh Sơn Phước và Trương Quang Vĩnh nhằm tìm cách uốn nắn, đưa Tuổi trẻ trở vào khuôn phép của báo đoàn thể địa phương, và cũng không phải lần đầu tiên cơ quan chủ quản chính thức của nó (Thành đoàn) cử người đến để nắm lại bộ máy biên tập.
• Vụ kỷ luật hàng loạt liên quan đến đưa tin về PMU18: Vụ việc tiếp theo là hai nhà báo Nguyễn Văn Hải (Báo Tuổi Trẻ) và Nguyễn Việt Chiến (Báo Thanh Niên) bị bắt tạm giam ngay tại trụ sở cơ quan an ninh điều tra, Bộ Công an vào ngày 12/5/2008 vì các vấn đề liên quan đến việc đưa tin vụ án PMU18.[11] Sau đó ông Hải đã được thả ngay sau khi xét xử và thừa nhận có nhiều sai lầm trong quá trình tác nghiệp.
  Liên quan đến vụ việc này, ngày 1/08/08, Bộ Thông tin và Truyền thông đã quyết định tước thẻ nhà báo đối với bảy người đang làm việc tại bốn tờ báo khác nhau, trong đó, báo Tuổi Trẻ có hai người bị tước thẻ là ông Bùi Văn Thanh (bút danh là Bùi Thanh), Phó Tổng biên tập và ông Dương Đức Đà Trang, Trưởng Văn phòng đại diện tại Hà Nội là những người đã trực tiếp viết, biên tập, duyệt đăng các tin bài về vụ PMU 18, trong đó có những thông tin sai sự thật nghiêm trọng.[12][13] Ông Thanh là người cực lực phản đối các động thái của pháp luật liên quan đến tờ báo và có hành vi chống đối một cách công khai khi cho thiết kế, in một poster có hình Nguyễn Văn Hải, dán ngay trước tòa soạn, các văn phòng và biến thành avatar trên các trang blog, trang mạng khác; đồng thời vận động mọi người làm việc này cùng mình.
• Vụ kỷ luật buộc thôi chức Tổng biên tập Lê Hoàng: Ông Lê Hoàng bị thôi chức Tổng biên tập và phải bàn giao cho cấp phó của mình từ ngày 1/1/2009 cùng ông Nguyễn Công Khế, Tổng biên tập báo Thanh niên. Sự kiện này có phần liên quan và bắt nguồn từ những sai phạm trong quá trình đưa tin về vụ PMU18 song cũng là "cộng dồn" của nhiều vụ việc trước và sau đó. Đây là Tổng biên tập thứ tư rời Tuổi trẻ và là Tổng biên tập thứ ba của Tuổi trẻ phải thôi chức khi đương nhiệm vì lý do liên quan đến kỷ luật. Người không bị kỷ luật là các ông Võ Như Lanh và Tăng Hữu Phong.
• Vụ truy tố phóng viên Hoàng Khương: Trong thời gian công tác tại báo Tuổi Trẻ, Hoàng Khương là tác giả của bài điều tra về hành vi nhận hối lộ để giải cứu đua xe trái phép của cảnh sát giao thông. Bị cho là có hành vi đưa hối lộ nên ông bị đề nghị tước thẻ nhà báo và điều tra về tội danh này. Ngày 02 tháng 1 năm 2012, Cơ quan Cảnh sát điều tra công an Thành phố Hồ Chí Minh đã tống đạt các quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với Hoàng Khương. Đến ngày 23 tháng 5 đã đề nghị truy tố ông về hành vi đưa hối lộ. Trong 2 ngày 6 và 7 tháng 9 năm 2012 Hoàng Khương bị đưa ra xét xử tại tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, tại phiên tòa sơ thẩm ông bị tuyên án 4 năm về tội đưa hối hộ, nhưng ông cho rằng mình chỉ mắc sai sót trong nghề nghiệp.
• Vụ trưởng phòng truyền hình báo Tuổi trẻ bị tố cáo cưỡng hiếp cộng tác viên: Tháng 4 năm 2018, một nữ cộng tác viên đã tố cáo bị nhà báo Anh Thoa (tên thật là Đặng Anh Tuấn), Trưởng phòng truyền hình của báo Tuổi trẻ cưỡng hiếp. Ngày 19 tháng 4 báo Tuổi Trẻ đưa ra bản tin ban đầu với nội dung cho rằng lời tố cáo chưa có căn cứ rõ ràng. Ngày hôm sau, khoa Báo chí – Truyền thông (Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh), nơi cộng tác viên đang theo học, đã gửi một văn bản (và cũng đưa lên mạng xã hội) bày tỏ sự thất vọng về những phản hồi của báo Tuổi Trẻ đưa ra trong bản tin ban đầu trên. Chiều 21 tháng 4, báo Tuổi Trẻ phát đi thông tin nhà báo Anh Thoa vừa gửi đơn xin từ chức trưởng Phòng Truyền hình đến Ban biên tập báo Tuổi Trẻ.[14][15][16] Đến nay, vẫn chưa có kết quả công bố từ cơ quan điều tra về vụ việc này.
• Vụ báo điện tử Tuổi Trẻ Online bị đình bản 3 tháng : Ngày 16 tháng 07 năm 2018, Cục trưởng Cục Báo chí, Bộ Thông tin và Truyền thông Lưu Đình Phúc ký quyết định xử phạt hành chính trong hoạt động báo chí xuất bản đối với báo điện tử Tuổi Trẻ Online vì đã đăng tải nội dung "không đúng sự thật và gây mất đoàn kết dân tộc".[17] Trong bài viết: Chủ tịch nước đồng ý cần ban hành Luật Biểu tình đăng ngày 19 tháng 6 năm 2018, Tuổi Trẻ Online đã thông tin: "Tiếp xúc cử tri với vai trò đại biểu Quốc hội TP.HCM, Chủ tịch nước Trần Đại Quang nói, ông đồng tình với kiến nghị cử tri cần có Luật biểu tình và hứa báo cáo Quốc hội về nội dung này". Trong quyết định xử phạt, Cục Báo chí khẳng định Chủ tịch nước không hề phát ngôn nội dung như vậy trong buổi tiếp xúc, và đánh giá đây là thông tin sai sự thật, gây ảnh hưởng "rất nghiêm trọng". Quyết định cũng nêu, trong phần bình luận dưới bài viết "Sao trong quy hoạch chưa thấy cao tốc miền Tây ?" đăng ngày 26 tháng 5 năm 2017 có thông tin "gây mất đoàn kết dân tộc", mang tính xúc phạm vùng miền. Với 2 nội dung trên, Cục Báo chí yêu cầu Tuổi Trẻ Online phải cải chính, xin lỗi, nộp phạt 220 triệu đồng và đình bản ba tháng kể từ ngày 16 tháng 07 năm 2018.[2]